第二，氣體種類過窄，第一期、第二期歐盟排放交易機(jī)制僅覆蓋二氧化碳，對(duì)于其他溫室氣體，比如甲烷、氧化亞氮等并沒有正式納入，而實(shí)際上這些氣體排放總量占到總體排放的20%之多。

　　第三，行業(yè)覆蓋不足，歐盟排放交易機(jī)制在第一階段僅覆蓋了45%二氧化碳排放量，許多二氧化碳排放量大的行業(yè)并沒有被納入控排行列，到了第二階段，歐盟才開始逐步增加所覆蓋的行業(yè)。易碳家

　　第四，免費(fèi)配額過多，第一期與第二期免費(fèi)配額的比例分別為95%及90%，而通過拍賣分配的配額在第一期不足0.2%，第二期也僅為3%左右，過多的免費(fèi)配額為碳排放權(quán)市場(chǎng)的發(fā)展產(chǎn)生了一定負(fù)面影響，使交易體系效率下降。

　　第五，“祖父規(guī)則”問題，污染者主要根據(jù)歷史排放情況獲得免費(fèi)排放權(quán)，也就是說污染越大的企業(yè)反而能夠獲得更多的免費(fèi)配額，這變相獎(jiǎng)勵(lì)了排放量大的企業(yè)，卻懲罰了本該受到獎(jiǎng)勵(lì)的采取有效措施減排的企業(yè)。易碳家

　　第六，配額抵消過多，歐盟排放權(quán)交易機(jī)制允許使用清潔發(fā)展機(jī)制和聯(lián)合履約機(jī)制產(chǎn)生的信用（credit）來抵銷排放。歐盟使用清潔發(fā)展機(jī)制和聯(lián)合履約機(jī)制的總量最多為減排努力（ReductionEffort）的50%，規(guī)定第二期每個(gè)排放設(shè)施使用補(bǔ)償信用的數(shù)量不低于其配額的10%。