為推動主要任務(wù)的深入實施，《實施方案》提出了4個方面共20項重大工程項目。

在治理修復(fù)類工程項目中，“藍色海灣”綜合治理工程著重利用污染防治、生態(tài)修復(fù)等多種手段改善16個污染嚴(yán)重的重點海灣和50個沿海城市毗鄰重點小海灣的生態(tài)環(huán)境質(zhì)量?！般y色海灘”岸灘修復(fù)工程主要通過人工補砂、植被固沙、退養(yǎng)還灘（濕）等手段，修復(fù)受損岸灘，打造公眾親水岸線。“南紅北柳”濕地修復(fù)工程計劃通過在南方種植紅樹林，在北方種植檉柳、蘆葦、堿蓬，有效恢復(fù)濱海濕地生態(tài)系統(tǒng)?！吧鷳B(tài)海島”保護修復(fù)工程將采取制定海島保護名錄、實施物種登記、開展整治修復(fù)等手段保護修復(fù)海島。

在能力建設(shè)類工程項目中，海洋環(huán)境監(jiān)測基礎(chǔ)能力建設(shè)、海域動態(tài)監(jiān)控體系建設(shè)、海島監(jiān)視監(jiān)測體系建設(shè)工程針對環(huán)保、海域、海島的監(jiān)視監(jiān)測工作，提出了擴展網(wǎng)絡(luò)、豐富手段、增強信息化的建設(shè)方向。海洋環(huán)境保護專業(yè)船舶隊伍建設(shè)工程提出了近岸、近海、遠海綜合船舶監(jiān)測能力的建設(shè)目標(biāo)。海洋生態(tài)環(huán)境在線監(jiān)測網(wǎng)建設(shè)工程計劃在重點海灣、入海河流、排污口等地布設(shè)在線監(jiān)測設(shè)備和溢油雷達。綜合保障基地建設(shè)工程擬建設(shè)集監(jiān)測觀測、應(yīng)急響應(yīng)、預(yù)報監(jiān)測等于一體的綜合保障基地。國家級海洋保護區(qū)規(guī)范化能力提升工程計劃每年支持10個左右的國家級保護區(qū)開展基礎(chǔ)管護設(shè)施和生態(tài)監(jiān)控系統(tǒng)平臺建設(shè)。

在統(tǒng)計調(diào)查類工程項目中，共有海洋生態(tài)、第三次海洋污染基線、海域現(xiàn)狀調(diào)查與評價、海島統(tǒng)計4項專項調(diào)查任務(wù)，旨在摸清我國生態(tài)保護、海洋污染、海域使用和海島保護開發(fā)的家底和狀況，為制定有針對性的政策措施提供重要決策支撐。

在示范創(chuàng)建類工程項目中，海洋生態(tài)文明建設(shè)示范區(qū)工程將新建40個國家級示范區(qū)，為探索海洋生態(tài)文明建設(shè)模式提供有益借鑒。海洋經(jīng)濟創(chuàng)新示范區(qū)工程計劃在山東、浙江、廣東、福建等海洋經(jīng)濟試點省份實施，進一步推動形成特色海洋產(chǎn)業(yè)集聚區(qū)。入海污染物總量控制示范工程將選取8個地方開展試點，盡快形成可復(fù)制、可推廣的控制模式。海域綜合管理示范工程計劃選擇2處地方開展海域綜合管理試點，探索海岸帶綜合管理、海域空間差別化管控等制度。海島生態(tài)建設(shè)實驗基地工程計劃建設(shè)15個基地，開展海島生態(tài)修復(fù)、海島建設(shè)監(jiān)測等方面研究工作。