目前，雖然在京都議定書框架內(nèi)對發(fā)展中國家尚無強(qiáng)制性減排要求，但面對日益增長的碳排放量和國際環(huán)保、碳關(guān)稅貿(mào)易壁壘壓力，我國極有可能在未來很短時(shí)間內(nèi)承擔(dān)一定數(shù)量的碳減排任務(wù)，因而，我國已將低碳經(jīng)濟(jì)列入國民經(jīng)濟(jì)和社會發(fā)展規(guī)劃。然而，從發(fā)達(dá)國家低碳經(jīng)濟(jì)的發(fā)展歷程來看，我國的低碳經(jīng)濟(jì)之路還需要經(jīng)歷一個(gè)漫長的時(shí)間，而低碳審計(jì)作為這個(gè)過程中必不可少的監(jiān)督機(jī)制，在我國仍處在探索階段，存在諸多問題。 

第一，比之西方國家較完備的環(huán)境財(cái)務(wù)會計(jì)體系及其更具針對性的特殊環(huán)境事項(xiàng)會計(jì)規(guī)范等，我國環(huán)境財(cái)務(wù)會計(jì)較為零散，并未形成體系，使得以此為基礎(chǔ)的碳審計(jì)工作既缺乏理論方面的研究，碳審計(jì)實(shí)務(wù)工作又缺乏指導(dǎo)，理論與實(shí)務(wù)嚴(yán)重脫節(jié)。在我國大陸地區(qū)，碳審計(jì)仍是個(gè)全新的概念，對于碳審計(jì)的動(dòng)因、目標(biāo)內(nèi)容等僅僅是一個(gè)個(gè)模糊且亟待澄清的基礎(chǔ)理論概念，更談不上碳審計(jì)標(biāo)準(zhǔn)、方法、績效評價(jià)等以基礎(chǔ)理論為契機(jī)延伸出來的應(yīng)用理論。 

第二，公眾對碳審計(jì)能促進(jìn)實(shí)現(xiàn)和發(fā)展低碳經(jīng)濟(jì)缺乏廣泛的認(rèn)知度，企業(yè)甚至質(zhì)疑碳審計(jì)的公平、公正，擔(dān)心涉及除資金狀況以外的碳排放數(shù)據(jù)會泄露商業(yè)機(jī)密，以至于出現(xiàn)提供資料不及時(shí)、不完整、不真實(shí)的情況，大大增加了碳審計(jì)取證的難度。

第三，作為一個(gè)全新的審計(jì)領(lǐng)域，開展碳審計(jì)的專業(yè)人才不足。目前在有限的碳審計(jì)實(shí)踐中，受專業(yè)知識和業(yè)務(wù)水平的限制，審計(jì)人員主要還是依靠之前在財(cái)務(wù)審計(jì)中積累的經(jīng)驗(yàn)，采用的技術(shù)和方法也往往局限于傳統(tǒng)的財(cái)務(wù)審計(jì)技術(shù)和方法，從而使得碳審計(jì)提供的鑒證結(jié)論可信度降低，因而絕大多數(shù)注冊會計(jì)師對碳審計(jì)望而生畏，這樣既喪失了在審計(jì)服務(wù)市場中拓展的機(jī)會，又有礙于審計(jì)行業(yè)的發(fā)展，更不利于環(huán)境、經(jīng)濟(jì)的協(xié)調(diào)發(fā)展。