歐盟利用配額拍賣所獲得的收入設(shè)立了三項基金：NER300、現(xiàn)代化基金和創(chuàng)新基金，前兩項主要針對能源生產(chǎn)的轉(zhuǎn)型和脫碳，創(chuàng)新基金則著重支持排放密集型工業(yè)的綠色投資。

NER300 是為了在EU ETS第三階段（2013～2020年）內(nèi)資助大規(guī)模低碳能源示范項目而設(shè)立的，共有 20 個成員國的 38 個可再生能源項目和 1 個碳捕獲與封存項目獲得了NER 300 的支持，資金總額約為21 億歐元。然而，由于難以獲得共同投資（私營或公共部門），其中28 個項目無法籌集到足夠的額外資金，不得不退出。從EU ETS第四階段 （2021～2030年）開始，NER 300 中仍未動用的資金將被轉(zhuǎn)入創(chuàng)新基金的資金池中，重點資助碳捕獲和封存項目、工業(yè)低碳技術(shù)推廣和可再生能源項目開發(fā)。綠色新政下，2021～2030年創(chuàng)新基金的規(guī)模將擴大1/4，資金池總規(guī)模超過430億歐元。

現(xiàn)代化基金成立的目標(biāo)則是支持低收入成員國能源部門的現(xiàn)代化、多樣化和可持續(xù)轉(zhuǎn)型。綠色新政下，可獲得現(xiàn)代化基金資助的成員國門檻進一步提高，由人均GDP低于歐盟平均水平60%的成員國提高至75% ，希臘、葡萄牙、斯洛文尼亞、保加利亞、克羅地亞、捷克、愛沙尼亞、匈牙利、拉脫維亞、立陶宛、波蘭、羅馬尼亞和斯洛伐克均可從中受益。而現(xiàn)代化基金的資金池總規(guī)模也將擴大到600億歐元左右。