項(xiàng)目的注冊(cè)（Registration）是『指定經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)』在完成審定CDM項(xiàng)目的合格性之后，使用『CDM項(xiàng)目活動(dòng)注冊(cè)和審定報(bào)表』、項(xiàng)目設(shè)計(jì)文件、東道國(guó)書面批復(fù)和有關(guān)評(píng)價(jià)問(wèn)題的解釋等資料，準(zhǔn)備好審定報(bào)告。然后使用UNFCCC秘書處提供的基于互聯(lián)網(wǎng)的電子文件提交工具，向秘書處傳遞項(xiàng)目注冊(cè)的申請(qǐng)。提交了所有文件信息后，『指定經(jīng)營(yíng)實(shí)體』會(huì)自動(dòng)收到一個(gè)唯一的編號(hào)，可用來(lái)確認(rèn)注冊(cè)費(fèi)的轉(zhuǎn)賬情況和查詢注冊(cè)審批的進(jìn)展。秘書處將決定DOE提交的有關(guān)項(xiàng)目注冊(cè)的所有文件和信息是否齊全。在注冊(cè)費(fèi)先行繳納和秘書處發(fā)出關(guān)于申請(qǐng)注冊(cè)文件齊全的確認(rèn)之后，『項(xiàng)目注冊(cè)的申請(qǐng)』就算是正式開(kāi)始并在UNFCCC的CDM網(wǎng)站上公示至少8個(gè)星期。

　　在注冊(cè)環(huán)節(jié)中，項(xiàng)目參與方需繳納注冊(cè)費(fèi)。注冊(cè)費(fèi)是作為CDM行政管理費(fèi)用收益分配(SOP-Admin,Share of Proceeds for Administration )的一部分應(yīng)繳款來(lái)收取的，具體金額則按照項(xiàng)目活動(dòng)計(jì)入期內(nèi)預(yù)計(jì)每年的減排量來(lái)計(jì)算的。每年15000噸二氧化碳當(dāng)量?jī)?nèi)的CERs需交納0.10美元/CER；超出15,000噸以上的部分按0.20美元/CER收取。無(wú)論多大的項(xiàng)目，注冊(cè)費(fèi)的總額均不超過(guò)350,000美元。每年預(yù)計(jì)減排量低于15,000噸二氧化碳當(dāng)量的項(xiàng)目活動(dòng)不需要交納注冊(cè)費(fèi)。