近年來，我國的環(huán)境保護監(jiān)管工作在機構(gòu)建設(shè)和監(jiān)管能力建設(shè)等方面取得了長足發(fā)展。但是，在環(huán)境監(jiān)管體制機制方面仍存在一些問題，制約了環(huán)境監(jiān)管工作發(fā)展。環(huán)境保護部部長陳吉寧指出，要深化環(huán)保領(lǐng)域改革。因此，當前急需制定切實可行的環(huán)境監(jiān)管體制機制改革方案，推動環(huán)境監(jiān)管工作有序發(fā)展。

首先，在橫向上，環(huán)境監(jiān)管職能分散，權(quán)力與責任不對等，統(tǒng)一監(jiān)管不足，環(huán)境與發(fā)展的綜合決策體系不健全；在縱向上，上下級的環(huán)境保護監(jiān)督乏力，地方政府缺乏嚴格監(jiān)管的動力。

我國現(xiàn)行的環(huán)境保護行政監(jiān)管體制機制，在防治環(huán)境污染、遏制生態(tài)破壞、保障生態(tài)安全等方面發(fā)揮了重要作用，但也存在一些統(tǒng)籌不足的現(xiàn)實問題。什么是統(tǒng)一監(jiān)督管理？統(tǒng)一管理和分工負責有何區(qū)別？統(tǒng)一監(jiān)督是否包括環(huán)境保護主管部門對其他部門履職情況的監(jiān)督？對于這些問題，法律沒有進一步的界定。當前，理論界普遍認為，環(huán)境保護包括對自然資源的保護，環(huán)保部門統(tǒng)一監(jiān)督管理就是環(huán)境保護主管部門統(tǒng)一指導、協(xié)調(diào)和監(jiān)督自己和其他部門在自然資源和環(huán)境保護方面的工作。但這一觀點并未得到相關(guān)政府部門的認同，其原因在于，部分政府部門擔心自己分工負責的職權(quán)會因環(huán)境保護主管部門的統(tǒng)一監(jiān)督管理而被架空，更不愿意看到另外一個非監(jiān)察性質(zhì)且與自己平級、互不統(tǒng)屬的政府部門來監(jiān)督自己的履職情況。

此外，由于自然資源之間、生態(tài)環(huán)境與處于其中的自然資源之間具有相互影響性，因而，當有關(guān)部門因環(huán)境污染、生態(tài)破壞、資源開發(fā)利用等事項發(fā)生交互性的職權(quán)糾紛和矛盾時，環(huán)境保護主管部門的統(tǒng)一指導、協(xié)調(diào)和監(jiān)督等職權(quán)作用的發(fā)揮，常常難以得到其他部門的認同。這不僅影響環(huán)境保護行政統(tǒng)籌監(jiān)管的效率，而且阻礙了環(huán)境和自然資源保護全局工作的開展，也損害了政府的公信力。所以，從應(yīng)然性角度來看，目前環(huán)境保護主管部門統(tǒng)一監(jiān)督管理作用的實際發(fā)揮還相當不夠。

盡管新修訂的《環(huán)境保護法》規(guī)定了生態(tài)補償?shù)茸匀毁Y源保護措施，但從整體上看，與生態(tài)保護有關(guān)的自然資源開發(fā)利用、林業(yè)環(huán)境、農(nóng)業(yè)環(huán)境、水環(huán)境、水土保持等方面的規(guī)定仍呈現(xiàn)出修改少、綜合性不足的問題，立法結(jié)構(gòu)瘸腿的現(xiàn)象沒有得到糾正。基于《環(huán)境保護法》屬于全國人大常委會通過的法律，與《水法》、《森林法》、《土地管理法》等法律的層級一樣，難以起到統(tǒng)帥作用。因此，一些學者認為，此次修訂的《環(huán)境保護法》雖可以為環(huán)境保護主管部門提高執(zhí)法監(jiān)管能力和實效所用，但對于水利、國土、林業(yè)、海洋等部門則難以適用。

可以說，在橫向上，環(huán)境監(jiān)管統(tǒng)管部門與行業(yè)主管部門之間存在職能交叉，且缺乏制度化、程序化、規(guī)范化的溝通協(xié)調(diào)機制。導致環(huán)境監(jiān)管實際工作中常出現(xiàn)互相推諉或扯皮現(xiàn)象，難以實現(xiàn)有效的統(tǒng)一監(jiān)管。盡管在中央層次已經(jīng)建立了全國環(huán)境保護部際聯(lián)席會議機制，但這一機制缺乏行使職能的法定途徑，且在促進綜合決策、加強環(huán)保協(xié)調(diào)方面作用有限。自2014年起，全國100多個市縣開始實行環(huán)境保護多規(guī)合一機制，即經(jīng)濟社會發(fā)展總體規(guī)劃與環(huán)境保護規(guī)劃、國土資源規(guī)劃、城市建設(shè)規(guī)劃合一，從而實現(xiàn)環(huán)境保護與經(jīng)濟社會發(fā)展綜合決策的目的。這一措施的覆蓋面還應(yīng)繼續(xù)加大。

在縱向上，環(huán)境監(jiān)管體制最突出的問題在于有效性不足，即中央對地方的環(huán)境監(jiān)管缺乏有效約束。其主要原因在于，地方各級環(huán)境行政主管部門的人事任免和財權(quán)都在同級黨委和政府手中，上級環(huán)境保護部門作為專業(yè)指導和監(jiān)督部門，難以有更大的約束和監(jiān)督手段。

其次，社會和市場參與不足，多元共治的環(huán)保體制機制尚未健全。

國家治理體系是指治國理政的制度體系，國家治理能力現(xiàn)代化是指治國理政能力的現(xiàn)代化，因而，可以把兩者分別總結(jié)為制度體系和制度能力。其核心是在黨的領(lǐng)導下和政府負責下，通過制度建設(shè)，吸收各方面的力量參與環(huán)境保護，實現(xiàn)環(huán)境共治。

環(huán)境保護需要常態(tài)性監(jiān)管，而我國政府的監(jiān)管力量具有偶然性的特點，具有視野有限的局限性。政府常因監(jiān)管力量不足而引起現(xiàn)場監(jiān)管缺位的窘?jīng)r。相對于廣泛的違法行為而言，環(huán)境保護主管部門能夠作出處罰的違法行為十分有限，無法實現(xiàn)全面、有效打擊違法行為的目的。然而，社會公眾監(jiān)督資源非常豐富。在絕大多數(shù)場合中，其監(jiān)督的力量是常態(tài)存在的。

但是，我國當前環(huán)境立法和法律實施，仍過分強調(diào)行政力量掌控作用的發(fā)揮，未對公眾的常態(tài)性監(jiān)督力量給予足夠重視，導致環(huán)境保護釣魚執(zhí)法、選擇執(zhí)法、尋租執(zhí)法、滯后執(zhí)法等執(zhí)法不公、執(zhí)法缺位的問題層出不窮，使環(huán)境法律規(guī)范的實施走了調(diào)、變了樣。