為獲取經(jīng)驗，保證實施過程的可控性，歐盟排放交易體系的實施是逐步推進的。

第一階段是試驗階段，從2005 年1月1日至2007 年12月31日。此階段主要目的并不在于實現(xiàn)溫室氣體的大幅減排，而是獲得運行總量交易的經(jīng)驗，為后續(xù)階段正式履行《京都議定書》奠定基礎(chǔ)。在選擇所交易的溫室氣體上，第一階段僅涉及對氣候變化影響最大的二氧化碳的排放權(quán)的交易，而不是全部包括《京都議定書》提出的六種溫室氣體。在選擇所覆蓋的產(chǎn)業(yè)方面，歐盟要求第一階段只包括能源產(chǎn)業(yè)、內(nèi)燃機功率在20MW以上的企業(yè)、石油冶煉業(yè)、鋼鐵行業(yè)、水泥行業(yè)、玻璃行業(yè)、陶瓷以及造紙業(yè)等，并設(shè)置了被納入體系的企業(yè)的門檻。這樣，歐盟排放交易體系大約覆蓋1150O家企業(yè)，其二氧化碳排量占歐盟的50%。而其他溫室氣體和產(chǎn)業(yè)將在第二階段后逐漸加入。 

第二階段是從2008年1月1日至2012年12月31日，時間跨度與《京都議定書》首次承諾時間保持一致。歐盟借助所設(shè)計的排放交易體系，正式履行對《京都議定書》的承諾。

第三階段是從2013年至2020年。在此階段內(nèi)，排放總量每年以1.74%的速度下降，以確保2020年溫室氣體排放比1990年低20%以上。