在這個階段里，歐盟吸取了第一階段配額分配過松的教訓(xùn)，最終將EUAA的最大排放量控制在了每年20.98億噸，對各個國家上報的排放額度仍是以免費分配為主。在這一階段，開始引入排放配額有償分配機制，即從配額總額中拿出一部分，以拍賣方式分配，排放實體根據(jù)需要到市場中參與競拍，有償購買這部分配額（例如，德國就拿出10%的排放配額進行拍賣）。同樣，第二階段里排放實體每年剩余的EUA可用于下一年度的交易，但也不能帶入下一階段。

　　從2013年開始的歐盟排放交易體系第三階段據(jù)了解歐盟將會對第三階段的交易機制進行大幅度改革，以避免內(nèi)部市場失靈。同時還要擴大納入排放體系的行業(yè)范圍，強化價格信號作用以引導(dǎo)投資，創(chuàng)造新的減排空間，減少總的減排成本，提高系統(tǒng)效率。此外，以拍賣方式分配的配額比例將逐步提高。

　　波動的配額交易經(jīng)歷

　　2006年5月前，EUA價格上漲很快，一度曾上漲到30歐元/噸。2007年的價格開始下降，在EU-ETS運行的第一階段臨近結(jié)束的約六個月時間內(nèi)，價格在0歐元附近一直持續(xù)。到了2007年年底價格一度上升到22歐元/噸。2008年上半年價格也居高不下，2008年7月1日更是創(chuàng)下了28.73歐元/噸的歷史最高紀錄。直到2008年第三季度以后，價格才開始下滑。此后，受全球金融危機影響，現(xiàn)貨價格一路下降，2009年2月觸底反彈，目前維持震蕩整理態(tài)勢。2009年12月份哥本哈根氣候大會的無功而

　　返進一步加重了現(xiàn)貨價格的盤整趨勢。