EU ETS共分為三個(gè)交易階段。第一階段交易（2005～2007年）作為實(shí)驗(yàn)性的階段，對各成員國及被法令包括在內(nèi)的設(shè)施運(yùn)營者來說，是“邊干邊學(xué)”的時(shí)期。第一階段的排放配額為22.98億噸，95%以上的配額為免費(fèi)分配。為保證減排義務(wù)的履行，歐盟規(guī)定：實(shí)際排放量低于分配配額的企業(yè)可進(jìn)入市場出售多余指標(biāo)；而實(shí)際排放量高于配額的企業(yè)，則需要從市場上購買其他企業(yè)出售的排放權(quán)，如不購買排放權(quán)將被處以每噸40美元的罰款。第一階段沒有用完的配額企業(yè)不得存儲——即把本年度的配額存放到下一年度延期使用，也不允許提前借支——即把下一年度的配額提前到本年使用。在第一階段，企業(yè)的履約率很高，歐盟整體溫室氣體排放量有所下降。除丹麥、葡萄牙、愛爾蘭、西班牙和奧地利外，其他國家都基本完成目標(biāo)。第二階段交易（2008～2012年）在配額分配方式基礎(chǔ)上，以拍賣方式成交的配額比例提高到10%，行業(yè)則擴(kuò)大到航空部門，對未完成減排目標(biāo)的處罰，提高到每噸二氧化碳100美元。第二階段的減排配額則可以順利帶到第三階段，從而增強(qiáng)了投資者的市場信心。第三階段交易（2013～2020年）擴(kuò)大了減排的覆蓋范圍，除發(fā)電、玻璃、煉油、煉焦、鋼鐵、水泥、石灰、制磚、陶瓷、紙漿和造紙10個(gè)行業(yè)外，還將包括石油化工、航空與航運(yùn)、制氨氮氧化物排放和制鋁中的全氟化碳排放。農(nóng)業(yè)與垃圾處理行業(yè)的溫室氣體減排，實(shí)現(xiàn)到2020年比2005年減少10%的目標(biāo)。第三階段的交易將在歐盟層面而非成員國層面上分配。企業(yè)原先可以免費(fèi)獲得的配額，從2013年起逐步由拍賣來獲得，并于2020年實(shí)現(xiàn)完全通過拍賣分配減排配額的方式。此外，總配額的5%將被儲備起來，分配給新加入者（電力部門除外，該部門配額全部實(shí)行拍賣），但在2020年仍沒有分配給新加入者的配額儲備將被拍賣。新規(guī)定建立了嚴(yán)格的監(jiān)測、報(bào)告和核證程序，以確保EU ETS的完整性。但對于某些缺乏競爭力的高耗能部門，則給予一定的豁免。